牧原股份以終端消費者需求為方向建立育種體系，致力于豬肉品質的改善，為豬肉生產鏈各成員創造更多價值。
種豬規模：牧原股份是首批國家生豬核心育種場，截至2019年9月擁有兩個國家生豬核心育種場，現存核心群基礎母豬15000余頭。同時，公司投入使用獨立公豬站58個，場內公豬站11個，所有公豬站均采用全封閉空氣過濾系統，最大限度推進遺傳交流，加快遺傳進展。
技術支撐：公司擁有一支30余人的專業育種研發團隊。2007年開始，率先在國內開始超聲波診斷儀測定背膘和眼肌面積來評估瘦肉率，并建立了豬肉質量控制實驗室，完善食品安全體系，對肉色、PH、肌內脂肪、剪切力、蛋白質等指標進行持續測定。公司自有知識產權的牧原生豬育種系統，收集種豬及其后裔的生產性能、胴體性能、肉質性能表現數據后，利用國際先進的BLUP軟件進行育種值的計算；并于2017年加入全國“豬基因組選擇育種平臺”，借助高校及科研院所的技術力量，開展分子遺傳信息的研究，2019年加入農業部“優質瘦肉型豬選育聯合攻關項目”，聯合各大高校和企業，進行種豬智能測定技術、種豬大數據遺傳評估技術、種豬種質資源分子鑒定技術等關鍵技術的研究。
公司飼料配方采用凈能評估體系，與消化能評估體系、代謝能評估體系相比，能更準確地計算出動物的特定營養需求量；公司采用凈能評估體系和真可消化氨基酸模式，精準衡量配方中有效蛋白質的含量，設計出最低蛋白日糧配方，提高了飼料的消化利用率，降低了飼料成本。
公司采用階段性營養配方技術，根據生豬類型及不同的生長階段，制定了精準的營養標準，運用析因法對不同階段豬群建立營養需要動態模型，研制了專門的飼料配方。 同時，公司實現了從原料采購、飼料加工、飼料運輸、自動化飼喂全過程的控制和記錄，有效保證了生豬飼料的質量和安全。
